昭和37年、運輸省は急増する自動車保有台数に対し、陸運事務所における検査能力が追い付かないという状況から、指定自動車整備事業制度を設け、いわゆる「民間車検」制度が新設されました。更に昭和40年代後半から、運輸省・整備振興会などの行政が整備業界の体質改善・近代化のために企業の集約化を積極的に推進した結果、全国各地の中小の認証工場が自動車分解整備の共同施設を有する協業組合・協同組合による、民間（指定）工場の認可取得の活動が活発になりました。その結果、最盛期には全国で560強の組合が設立されました。
全国各地にできた整備協業・整備協同組合が、相互研鑽をはかり、組合の健全な発展と業界全体の体力・地位向上のため地域・県ごとに連絡会を創設しました。その動きが九州地区・近畿地区などのブロック創設に波及し、昭和57年1月に任意団体「全整協連絡会」の発足、全国から150組合が参加しました。

上記全整協連絡会創設20年を経過したころより、任意団体のため全整協独自の団体商標登録等の知的所有権の保有ができないこと、研修事業等の助成金申請が困難であることなどから、監督官庁・関係団体・自動車業界・整備業界などの関連業界を含め、広く社会一般から認知される組織を目指すことが必要となってきました。
そこで、全国中小企業団体中央会のご指導を受け、平成17年7月に念願の国土交通省関東運輸局認可「全整協協議会」を設立。当初は1都1道1府36県186会員でスタートしました。

一つの団体に2つの組織が存在する状況がしばらく続く中、両組織の一本化が論議されてきましたが、全整協協議会の10周年を契機に、平成27年8月の第10回全整協協議会定例総会・全整協連絡会第34回定例総会において両組織の一本化を決議し、全整協協議会を存続組織としました。

全整協の一本化を受け、国土交通省関東運輸局認可から本局認可への活動を強化し、平成27年12月17日付で国土交通大臣認可を取得。長年の全整協の活動が認められ、昭和57年任意団体全整協連絡会創設から34年目の悲願達成となりました。